贮藏中药材种子一定要与其他树木、蔬菜、粮食等其他种子分开存放，避免混杂。在贮藏前，要彻底清除其中的杂草和泥土等杂质。贮藏房间要进行常规消毒，严防种子受到污染。控制好水分。含油类多的药材种子水分要控制在8%~9%，一般种子水分应控制在12%~13%，因为水分过高种子容易霉变。贮藏中药材种子的环境最佳温度应控制在10℃，温度过高，种子呼吸旺盛，将消耗自身贮藏的营养，降低发芽率。应在离地50厘米以上的地方贮藏中药种子，不可直接把中药种子放在地面上，以免受潮而影响发芽率。贮藏室要注意通风换气。不要用塑料袋密封中药材种子。因为塑料不透气，种子会进行无氧呼吸，产生酒精和有机酸等有毒物质，失去发芽活力。
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